Notevoli cambiamenti in seno al Collegio furono determinati dalla bolla, emanata da papa Urbano VIII l’ 8 luglio 1636, Cum Sicut Pro Parte Dilectorum Filiorum Communitatis.
Lo stato giuridico delle terre urbinati era profondamente mutato: tutto il ducato, dopo l’estinzione della casata roveresca, avvenuta nel 1631, faceva ormai parte della Legazione di Pesaro-Urbino.
Per quel che concerne lo Studio pubblico venivano confermati gli antichi privilegi, sempre facendo riferimento alle precedenti bolle pontificie di Giulio II e Pio IV, considerandole i due documenti istitutivi dello Studio stesso. La comunità cittadina si sostituì nella protezione dello Studio pubblico ai duchi scomparsi.
Comprensibili e giustificate le suppliche rivolte ai vari pontefici perché concedessero allo Studio cittadino tutti i privilegi dell’Università di Ferrara, considerando l’autosufficienza economica raggiunta non solo grazie ai provvedimenti dei diversi pontefici, ma anche a quelli della comunità, oltre alle donazioni e ai lasciti testamentari di privati cittadini.
Il 6 aprile 1671 Clemente X emanava la bolla Aeternae Sapientiae che riconosceva lo sviluppo raggiunto dallo Studio urbinate, la fama da esso acquisita e la posizione della città molto adatta a chi volesse dedicarsi allo studio. Il Pontefice istituiva Unam Universitatem Studij Generalis, concedendole anche i beni del soppresso Ordine dei Gesuati.
Nasceva così l’Università di Urbino, dotata di un considerevole patrimonio che le consentiva sicurezza economica.