Il corso si propone di fornire agli studenti nozioni su tecnologie biologiche quali PCR quantitativa, DNA microarray, protein microarray, microRNA microarray, comparative genomic hybridization (CGH), Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)-on-Chip, Next-generation sequencing e genome editing. Saranno acquisiti inoltre elementi di bioinformatica per l'analisi dei genomi e per la ricerca di informazioni biologiche su banche dati.  

(English version) The aim of the course is to provide notions of advanced biological technologies such as quantitative PCR, DNA microarrays, protein microarrays, miRNA microarrays, comparative genomic hybridization (CGH), Chromatin immunoprecipitation (ChIP)-on-Chip, Next-generation sequencing and genome editing. Notions of bioinformatics for the genome analysis and the search of biological databases will also be acquired.

Tecniche per l'amplificazione di acidi nucleici: tecniche basate sulla PCR; tecniche non basate sulla PCR (LCR; NASBA; SDA; LAMP); Whole Genome Amplification; Whole Transcriptome Amplification.

Real-time PCR: principi, metodiche, applicazioni e analisi dei dati. Analisi High Resolution Melt (HRM): principi ed esempi di applicazione.

DNA Microarrays: principi di fabbricazione; microarray planari e non planari (in sospensione); applicazioni nello studio del trascrittoma e per la rilevazione di microrganismi. Utilizzo di software per l'analisi dei dati. SNPs genotyping. Ibridazione Genomica comparativa (CGH): chromosome CGH e array CGH.

Array di proteine: function arrays; detection arrays; reverse phase arrays.

RNA interference: Tecniche per lo studio dei microRNA; silenziamento genico mediato da miRNA.

Chip-on-chip: metodologie e applicazioni per lo studio di fattori di trascrizione e dell'organizzazione della cromatina.

Tecnologie di sequenziamento di nuova generazione basate su pirosequenziamento, utilizzo di terminatori reversibili, DNA ligasi (SOLiD), rilevazione di ioni idrogeno (ion torrent). 

La metagenomica come strumento per lo studio delle comunità microbiche.

Ingegneria genomica tramite metodi basati su nucleasi TALEN, ZFN e CRISPR/Cas.

Utilizzo dei principali tools per l'analisi di sequenze nucleotidiche/proteiche e la ricerca di informazioni biologiche su banche dati (BLAST, PubMed, ecc.)  

(English version)

Techniques for nucleic acid amplification: PCR-based techniques; Non PCR-based techniques (LCR; NASBA; SDA; LAMP); Whole Genome Amplification; Whole Transcriptome Amplification.

Real-time PCR: principles, methods, applications and data analysis. High Resolution Melt (HRM) analysis: principles and examples of applications.

DNA Microarrays: manufacturing principles; planar microarrays; bead microarrays; applications in transcriptome analysis and in microorganisms detection; software for microarray data analysis. SNPs genotyping Comparative genomic hybridization (CGH): chromosome CGH and array CGH.

Protein arrays: function arrays; detection arrays; reverse phase arrays. RNA interference: techniques to study microRNAs; miRNA-mediated gene silencing.

Chip-on-chip: methods and applications to study transcription factors and chromatin organization.

Next-generation sequencing technologies based on pyrosequencing, reversible terminators, oligonucleotide ligation detection (SOLiD), hydrogen ion detection (ion torrent).

Metagenomics: applications for the analysis of microbial communities.

Genome engineering through TALEN, ZFN and CRISPR/Cas-based methods.

Main tools for DNA/protein sequence analysis and for searching biological information in public databases (e.g. BLAST, PubMed, etc.)

Analisi bioinformatica dei dati di microarray in studi di espressione genica e per la rilevazione di microrganismi. Ricerca di informazioni biologiche in banche dati online.

Analysis of microarray data in gene expression and microorganisms detection experiments. Search for biological information in public databases.

Modalità didattiche

Lezioni frontali

Lectures

Obblighi

Nessuno

None

Testi di studio

I files delle lezioni e alcune reviews pubblicate su riviste scientifiche internazionali saranno resi disponibili sul sito della biblioteca area scientifca.

ppt files and scientific reviews published on international journals will be made downloadable from the scientific library website.

Modalità di
accertamento

prova scritta propedeutica all'orale

written test preliminary to oral exam

Disabilità e DSA

Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.

A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.

Testi di studio

i files delle lezioni e alcune reviews pubblicate su riviste scientifiche internazionali saranno resi disponibili sul sito della biblioteca area scientifica.

ppt files and scientific reviews published on international journals will be made downloadable from the scientific library website

Modalità di
accertamento

prova scritta propedeutica all'orale

written test preliminary to oral exam

Disabilità e DSA

Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.

A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.