BIOINFORMATICA
BIOINFORMATICS
A.A. | CFU |
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2024/2025 | 8 |
Docente | Ricevimento studentesse e studenti | |
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Annamaria Ruzzo | Venerdì, previo contatto telefonico o email. |
Didattica in lingue straniere |
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Insegnamento con materiali opzionali in lingua straniera
Inglese
La didattica è svolta interamente in lingua italiana. I materiali di studio e l'esame possono essere in lingua straniera. |
Assegnato al Corso di Studio
Giorno | Orario | Aula |
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Giorno | Orario | Aula |
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Obiettivi Formativi
Il corso ha l'obiettivo di fornire informazioni e strumenti per risolvere i problemi più classici della Bioinformatica quali la consultazione delle banche reperibili sul web, l'allineamento delle sequenze, l'evoluzione molecolare, l'identificazione e la ricerca di pattern funzionali, la predizione della struttura proteica e capacità basilari per analizzare i genomi e decifrare l'informazione in essi contenuta. Il corso si prefigge di far familiarizzare lo studente con le soluzioni informatiche correntemente usate valutandone potenzialità e limiti partendo da problemi biologici.
Programma
Il Corso affronterà a vari livelli i seguenti argomenti:
Concetti e principi della bioinformatica
I dati
La qualità dei dati
La rappresentazione dei dati
Le banche dati degli acidi nucleici, delle proteine, e delle strutture proteiche
Le banche dati primarie secondarie e specializzate
L’integrazione delle banche dati
L’analisi di sequenze genomiche: concetti e principi
La ricerca dei geni nelle banche dati
Metodi statistici per la ricerca di geni
Le reti neurali in bioinformatica
Hidden Markov Model
La genomica comparata
L’evoluzione delle proteine: Concetti e principi
L’evoluzione molecolare delle proteine
Allineamento di due sequenze
Allineamenti globali, locali, dot-plot
Matrici di similarità :PAM e BLOSUM
La penalizzazione di inserzioni e delezioni negli allineamenti
L’algoritmo di allineamento
Allineamenti multipli
Alberi filogenetici
La ricerca in banche dati per similarità: Concetti e principi
I metodi FASTA e BLAST
Ricerche con profili: PSI-BLAST
Ricerca di pattern di sequenza
La predizione della struttura secondaria delle proteine
Predizione della struttura terziaria
Gli stadi della procedura di modelling per omologia
Modelling di proteine
Ottimizzazione del modello
Accuratezza di un modello per omologia
Modelli costruiti automaticamente
I metodi di riconoscimento di fold
I metodi basati su profili
Eventuali Propedeuticità
nessuna
Risultati di Apprendimento (Descrittori di Dublino)
Gli studenti dovranno acquisire le seguenti capacità:
1- conoscere e discutere gli argomenti trattati a lezione
2- dimostrare di sapere risolvere problemi inerenti alla ricerca dei dati biologici dalle principali banche dati biologiche e saper impostare esperimenti di biologia molecolare in funzione dei dati acquisiti
3- saper ricercare la letteratura recente su argomenti medico/biologici e incrociarla con i dati delle banchedati biologiche
4- presentare alla prova orale gli argomenti del corso, attraverso un elaborato scritto (tesina) dove viene simulata una ricerca di biochimica computazionale scelta dallo studente
Materiale Didattico
Il materiale didattico predisposto dalla/dal docente in aggiunta ai testi consigliati (come ad esempio diapositive, dispense, esercizi, bibliografia) e le comunicazioni della/del docente specifiche per l'insegnamento sono reperibili all'interno della piattaforma Moodle › blended.uniurb.it
Attività di Supporto
Il corso prevede esercitazioni in aula con PC sia per il reperimento di dati biologici sia per l'utilizzo di programmi che permettono allineamento delle sequenze nucleotidiche e aminoacidiche, scelta primers di amplificazione, analisi delle strutture proteiche.
Modalità Didattiche, Obblighi, Testi di Studio e Modalità di Accertamento
- Modalità didattiche
Lezioni frontali ed esercitazioni in classe su PC
- Didattica innovativa
Learning by doing
- Obblighi
no
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli (2010)
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA - Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Pavesi, Graziano Pesole, Chiara Romualdi (2018)
- Modalità di
accertamento Prova orale accompagnata da un elaborato (tesina) dove viene simulata una ricerca nella quale buona parte degli argomenti del corso verranno affrontati da un punto di vista pratico
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
Informazioni aggiuntive per studentesse e studenti non Frequentanti
- Modalità didattiche
Per dare la possibilità alle studentesse e agli studenti non frequentanti di compensare con lo studio autonomo quanto è
svolto durante le lezioni, sono indicati i seguenti materiali riferiti ai medesimi contenuti del programma ai fini di promuoverne la piena comprensione :Materiale su blended e testi consigliati. Inoltre sono incoraggiati a contattare il docente.
- Obblighi
nessuno
- Testi di studio
BIOINFORMATICA -Dalla sequenza alla struttura delle proteine - S.Pascarella e A.Paiardini - Zanichelli (2010)
FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA - Manuela Helmer Citterich, Fabrizio Ferrè, Giulio Pavesi, Graziano Pesole, Chiara Romualdi (2018)
- Modalità di
accertamento Prova orale accompagnata da un elaborato (tesina) dove viene simulata una ricerca nella quale buona parte degli argomenti del corso verranno affrontati da un punto di vista pratico
- Disabilità e DSA
Le studentesse e gli studenti che hanno registrato la certificazione di disabilità o la certificazione di DSA presso l'Ufficio Inclusione e diritto allo studio, possono chiedere di utilizzare le mappe concettuali (per parole chiave) durante la prova di esame.
A tal fine, è necessario inviare le mappe, due settimane prima dell’appello di esame, alla o al docente del corso, che ne verificherà la coerenza con le indicazioni delle linee guida di ateneo e potrà chiederne la modifica.
« torna indietro | Ultimo aggiornamento: 08/07/2024 |